奈良時代・養老元年（717年）、行基菩薩がこの地に草庵を結び、一刀三礼にて十一面観世音菩薩を刻み、安置されたことをもって開創とされています。
承和二年（835年）、寺が火災に遭い建物が全焼してしまいましたが、本尊だけは燃えずに被害が少なかったことから、『火災よけ』の霊験あらたかなお寺として崇信されています。
承和十四年（847年）には『慈覚大師円仁和尚』によって再興され、以後比叡山延暦寺の末寺となり今日に至っています。
昭和五十三年、九州で最初に天台宗別格本山となりました。
つつじ園は大正十二年に開設。その後「つつじ寺」の愛称を贈られ、全国的に知られるようになりました。